С сентября 1999 года на базе спортивного комплекса начало свою плодотворную работу Муниципальное образовательное учреждение спорта дополнительного образования детей Куйбышевского района «Детско-юношеская спортивная школа», Учредителем являлся комитет по физической культуре и спорту под руководством Фёдоровой Галины Викторовны. Директором в то время был Гайн Юрий Михайлович. В школе работали 18 тренеров по 11 видам спорта: лыжные гонки, легкая атлетика, настольный теннис, баскетбол, волейбол, футбол, хоккей с шайбой, художественная гимнастика, дзюдо, пауэрлифтинг, гиревой спорт, где занималось 1008 человек.
С 2000 по 2010 года возглавлял школу Гледизоров Александр Александрович.
С 2005 года Учредителем ДЮСШ является администрация Куйбышевского района.
В марте 2007 года произошла реорганизация, к МОУС ДОД «ДЮСШ» присоединились: Детско-юношеский клуб физической подготовки (переименован в Городской спортивный центр) под руководством Бодажкова Александра Андреевича; Районная детско-юношеская спортивная школа под руководством Гайна Юрия Михайловича (школа переименована в Районный детский спортивный центр, в декабре 2010 года расформирован); Летний оздоровительный спортивный центр «Гайдар» под руководством Бобровского Сергея Геннадьевича.
С 2012 года учреждение переименовано в муниципальное бюджетное учреждение дополнительного образования Куйбышевского района «Детско-юношеская спортивная школа» (МБУ ДО «ДЮСШ»).
С марта 2016 года и по настоящее время возглавляет спортивную школу Жданов Юрий Валерьевич.
В марте 2023 года муниципальное бюджетное учреждение дополнительного образования Куйбышевского района «Детско-юношеская спортивная школа» переименовано в муниципальное бюджетное учреждение дополнительного образования Куйбышевского муниципального района Новосибирской области «Спортивная школа».
В структуре МБУ ДО «СШ» функционирует два подразделения: Центр тестирования ВФСК ГТО (заведующий Мауль И.А.) и Комплекс лыжный «Гайдар» (заведующий Бобровский С.Г.)
В настоящее время в школе работает 15 спортивных отделений (лыжные гонки, баскетбол, футбол, волейбол, борьба дзюдо, легкая атлетика, стрельба пулевая, хоккей, художественная гимнастика, плавание, гиревой спорт, мини-лапта, шорт-трек, рукопашный бой, самбо), в которых занимаются более 1400 детей, подростков, студентов Куйбышевского муниципального района. В их число входят 9 сборных команд района по 8 видам спорта, 6 групп обучающихся с ограниченными возможностями здоровья. Учебно-тренировочный процесс ведут 37 тренеров-преподавателей, 7 инструкторов по физической культуре, 1 педагог дополнительного образования.
Учебно-тренировочные занятия проходят на спортивных базах: МБУС «СОЦ г. Куйбышева» (спортивные залы, бассейн, танцевальные залы, стадион, легкоатлетический манеж), общеобразовательных школ района, Чумаковской школы-интерната, стрелкового тира местного отделения ДОСААФ, МБУС «Ледовая арена «Факел»», МБУ ДО «СШ».
Ежегодно около 200 обучающихся выполняют нормативы спортивных разрядов, от юношеских до КМС.
Спортивно-одаренные обучающиеся получают стипендию главы Куйбышевского района.
В течении года на территории Куйбышевского района спортивная школа организует и проводит порядка 70 соревнований различного уровня: муниципальные, межмуниципальные и областные.
Традиционными стали спортивно-массовые мероприятия:
— Мемориальные соревнования памяти ветеранов спорта по лыжным гонкам, легкой атлетике, волейболу, футболу, хоккею, дзюдо, рукопашному бою, баскетболу;
— Легкоатлетические эстафеты к 9 мая, Дню учителя;
— Спортивный праздник к 1 июня;
— «Час выпускника»;
— «Лыжня России»;
— «Кросс Нации»;
— патриотические акции;
— Фестивали ГТО.
Воспитанники активно принимают участие в более чем в 200 соревнованиях за пределами района (Новосибирск и Новосибирская область, Алтайский край, Казань, Московская область, Дзержинск, Челябинск, Санкт-Петербург, Волгоград и др.)